毛囊炎的治疗药物选择需根据病情而定，一般来说，外用药物是常用的治疗方式，比如2%莫匹罗星软膏，通常连续使用几天到一周左右可能会有较好改善，但具体效果因人而异。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 这是一种常见的外用抗生素，对革兰阳性球菌有很强的抗菌活性，能抑制细菌蛋白质的合成，从而起到杀菌作用。适用于革兰阳性球菌引起的毛囊炎，一般局部涂抹，每天3次左右，能帮助减轻炎症、消除感染。夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎的常见细菌，如金黄色葡萄球菌等有较好的抗菌效果。它通过抑制细菌的蛋白质合成来发挥杀菌作用，局部外用，一天涂抹2 - 3次，可缓解毛囊炎的红肿、疼痛等症状。
抗真菌类药物
酮康唑乳膏： 如果毛囊炎是由真菌感染引起的，比如马拉色菌感染导致的毛囊炎，酮康唑乳膏就比较适用。它能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌的代谢，从而发挥抗真菌作用。一般需要每天外用1 - 2次，连续使用数周。特比萘芬乳膏： 同样是针对真菌感染的药物，能特异性地干扰真菌固醇的早期生物合成，发挥抗真菌活性。对于真菌性毛囊炎有较好的疗效，局部涂抹，每天1 - 2次。
中药类外用药
金黄膏： 这是一种中药制成的外用膏剂，具有清热解毒、消肿止痛的功效。对于湿热蕴结引起的毛囊炎有一定作用，将金黄膏均匀涂抹在患处，能减轻局部的红肿热痛等症状，一般每天涂抹1 - 2次。鱼石脂软膏： 有温和的刺激性，可消炎、防腐及消肿。适用于毛囊炎初期，局部涂抹鱼石脂软膏能促进炎症局限化，帮助缓解症状，每天涂抹1 - 2次即可。在使用药物治疗毛囊炎时，要注意保持皮肤清洁，避免搔抓患处，以防感染加重。如果毛囊炎症状较为严重，或者外用药物效果不佳，还需要考虑口服药物等其他治疗方式，同时不同人群使用药物时也有注意事项，比如儿童使用外用药物时要注意药物的刺激性等，需在医生指导下合理用药。