毛囊炎的治疗药物需根据病情等因素选择，一般来说，局部细菌感染引起的毛囊炎可以用莫匹罗星软膏等，而真菌感染引起的毛囊炎可能要用酮康唑乳膏等。通常没有绝对“最好”的药，要根据具体情况选。
局部细菌感染性毛囊炎用药
外用抗生素药膏： 比如莫匹罗星软膏，它对多种革兰阳性球菌有抗菌作用，能抑制细菌生长，减轻毛囊炎的红肿、疼痛等症状。一般局部涂抹，直接涂在患处就行。复方多粘菌素B软膏： 也可用于局部细菌感染导致的毛囊炎，能起到抗炎、止痛、预防感染的作用，使用时直接涂抹于患处。
真菌感染性毛囊炎用药
抗真菌药膏： 像酮康唑乳膏，它能抑制真菌细胞膜的合成，影响真菌代谢，从而发挥抗真菌作用，可用于治疗马拉色菌等引起的毛囊炎。使用时均匀涂抹在患处。联苯苄唑乳膏： 同样是抗真菌药物，对皮肤癣菌及念珠菌等有抗菌作用，适用于真菌感染引起的毛囊炎，每天使用一次，涂抹于患处。
严重毛囊炎的全身用药
口服抗生素： 如果毛囊炎比较严重，范围较大，有全身症状，可能需要口服抗生素。比如头孢类抗生素，不过要注意如果对头孢过敏就不能用。但使用口服抗生素一定要在医生指导下，因为要考虑药物的适应证、禁忌证等情况。口服抗真菌药： 若真菌感染严重，口服抗真菌药，如伊曲康唑，但使用这类药物时要监测肝功能等，因为可能对肝脏有一定影响，也必须在医生规范指导下使用。需要注意的是，使用药物治疗毛囊炎时，要保持皮肤清洁，避免搔抓等刺激。而且不同原因引起的毛囊炎用药不同，一定要在明确病因后，在医生的指导下合理选用药物，不要自行盲目用药。比如儿童患毛囊炎用药更要谨慎，要根据儿童的年龄等情况，由医生选择合适的药物及用法用量。