扁桃体肥大的处理需根据具体情况而定。如果是儿童扁桃体肥大，约有1/3的患儿可能会在4-10岁时出现生理性扁桃体肥大，若无明显症状可不特殊处理，但如果扁桃体肥大影响呼吸、吞咽等，可能需要干预。
观察等待情况
无症状或轻度症状： 如果扁桃体只是轻度肥大，孩子没有出现打鼾、呼吸不畅、吞咽困难等明显症状，通常可以先观察。要让孩子多喝水，保持口腔清洁，避免反复感冒等诱发扁桃体炎症的因素。一般3-10岁的儿童扁桃体可能会随着年龄增长逐渐萎缩，如果没有出现频繁的扁桃体发炎等情况，可先不做特殊治疗。生理性肥大阶段： 对于3-10岁这个年龄段的生理性扁桃体肥大，只要孩子呼吸、吞咽等功能不受影响，就可以先观察等待，定期带孩子到医院检查扁桃体的情况，监测其变化。
药物治疗情况
炎症引起的肥大： 当扁桃体肥大是由炎症导致时，如急性扁桃体炎引起的扁桃体充血、肿胀导致的肥大，可使用抗生素治疗。比如细菌感染引起的，常用青霉素类抗生素，如阿莫西林等，但使用抗生素需在医生指导下，根据孩子的年龄、体重等情况合理用药。如果是病毒感染引起的扁桃体炎导致的肥大，一般以对症治疗为主，可使用一些清热解毒的中成药，如小儿咽扁颗粒等，缓解扁桃体发炎带来的不适症状，但药物使用要遵循医生的建议。
手术治疗情况
重度肥大影响功能： 当扁桃体过度肥大，严重影响孩子的呼吸，出现睡眠时打鼾、呼吸暂停，或者影响吞咽、发音等功能时，可能需要考虑手术治疗。一般当扁桃体肥大导致孩子每年扁桃体炎发作次数超过7次，连续2年以上，或者引起了风湿热、肾炎等全身并发症时，就符合手术指征。手术通常在孩子5岁以后，身体状况较好时进行，如全身情况稳定，无手术禁忌证等。手术方式有扁桃体剥离术等，术后要注意孩子的伤口护理，避免感染，让孩子吃软食等，促进伤口恢复。