男性生殖器疱疹的治疗主要包括一般治疗、系统用药和外用药物。
一、一般治疗：要注重休息，避免饮酒、劳累以及过度的性生活。当出现疼痛或生殖器上有簇集、散在的小水疱等临床症状时，必须避免性生活。
二、系统用药：
1.对于初发者，可遵医嘱使用阿昔洛韦等抗病毒药物。
2.复发型则采用间歇疗法，也就是在前驱症状出现之前就开始进行治疗。
三、外用药物：可选择以抗病毒、收敛、干燥以及防止继发感染为主的药物，比如遵医嘱应用3%阿昔洛韦软膏或炉甘石洗剂。当继发感染时，可遵医嘱使用夫西地酸乳膏、莫匹罗星软膏。如果合并有龈口炎，应保持口腔清洁，并外用口腔含漱液。需要强调的是，以上所有的用药都必须在医生的指导下进行，而且出现男性生殖器疱疹的患者应及时就医，通过积极的治疗并改善生活方式，是有可能使疱疹不再复发的。
总之，对于男性生殖器疱疹的治疗，要综合运用各种方法，同时患者要严格遵循医嘱，注重日常护理，以促进康复并防止复发。