男性生殖器疱疹主要通过抗病毒药物来治疗，常用的如阿昔洛韦，一般在发病后尽快使用能缩短病程。
常用抗病毒药物
阿昔洛韦： 属于核苷类抗病毒药物，能干扰病毒DNA合成，抑制疱疹病毒复制。可口服，也能外用乳膏。口服的话，一般对初发的生殖器疱疹，疗程约7 - 10天。伐昔洛韦： 是阿昔洛韦的前体药物，生物利用度比阿昔洛韦高，起效更快。服用后在体内转化为阿昔洛韦发挥作用，一般初发患者疗程也是7 - 10天。
日常护理要点
保持局部清洁： 要每天用清水清洗生殖器部位，保持干净干燥，防止继发细菌感染。清洗时动作要轻柔，避免摩擦疱疹部位。避免性生活： 在疱疹发作期一定要避免性生活，因为此时病毒具有传染性，很容易传染给性伴侣，待病情稳定且医生评估可以后再考虑恢复性生活，并且恢复性生活时建议使用安全套。
预防复发注意事项
增强免疫力： 要养成良好的生活习惯，保证充足的睡眠，一般成人每天需要7 - 8小时的高质量睡眠。还要均衡饮食，多摄入富含维生素、蛋白质的食物，像新鲜的蔬菜水果、瘦肉、鱼类等。适当进行体育锻炼，每周至少进行150分钟的中等强度有氧运动，比如快走、慢跑等。避免诱因： 要尽量避免诱发因素，比如过度劳累、精神紧张、熬夜等。有些患者在受凉、感冒后容易复发，所以要注意根据天气增减衣物，预防感冒。如果有频繁复发情况（1年复发6次以上），可在医生指导下进行抑制疗法，长期服用抗病毒药物，如阿昔洛韦等，但具体用药需遵医嘱。