患有卵巢囊肿的治疗方式需根据囊肿性质、大小等因素决定。一般来说，直径小于5厘米的生理性囊肿，有一定概率自行消失，可定期（通常3~6个月）复查超声观察变化。
生理性囊肿的观察随访
小尺寸生理性囊肿：像滤泡囊肿、黄体囊肿等，很多是激素变化引起的生理性囊肿，直径多小于5厘米，通常不需要特殊治疗，定期做超声检查就行，一般每3~6个月复查一次超声，观察囊肿是否缩小或消失。特殊情况关注：如果在观察期间囊肿持续存在或有增大趋势，就要进一步评估了。
病理性囊肿的手术治疗
卵巢囊肿较大时：当囊肿直径大于5厘米，或者怀疑是病理性囊肿（如巧克力囊肿、浆液性囊腺瘤等），可能需要手术治疗。手术方式有腹腔镜手术和开腹手术等。腹腔镜手术是微创方式，通常术后恢复较快，一般住院3~7天左右就能出院。恶性囊肿的处理：如果是恶性卵巢囊肿，那手术范围会更大，可能需要切除患侧附件甚至更多组织，术后还可能需要配合化疗等综合治疗。
药物治疗辅助
盆腔炎性包块导致的囊肿：如果是盆腔炎性疾病引起的卵巢囊肿，也就是炎性包块，可能会使用抗生素治疗。一般会根据药敏试验选择合适的抗生素，疗程通常需要10~14天左右，通过控制炎症来使囊肿缩小。子宫内膜异位囊肿的药物：对于子宫内膜异位症引起的卵巢巧克力囊肿，可使用孕激素类药物，像甲地孕酮等，用药时间大概需要3~6个月，但药物治疗只能缓解症状，很难彻底治愈，且停药后有复发可能。