患有卵巢囊肿的治疗方法需根据囊肿的性质、大小、患者年龄等因素综合判断。一般来说，直径小于5厘米且无症状的卵巢囊肿，可定期复查，观察其变化，通常建议每3~6个月做一次超声检查。
观察随访情况
小囊肿且无症状：如果卵巢囊肿直径小于5厘米，且通过超声检查考虑为生理性囊肿（如滤泡囊肿、黄体囊肿等），这种情况下很多会在月经周期变化中自行消失，所以可以定期随访观察，一般每3个月复查一次超声，监测囊肿大小变化。持续存在的小囊肿：如果囊肿持续存在但没有增大趋势，也没有引起不适症状，可能需要持续观察，比如持续观察6~12个月，看囊肿是否有自行消退或稳定的情况。
手术治疗情况
囊肿较大或怀疑恶性：当卵巢囊肿直径大于5厘米，或者经过观察囊肿持续存在且有增大迹象，又或者超声提示囊肿有恶性倾向时，通常需要手术治疗。手术方式有腹腔镜手术和开腹手术等。腹腔镜手术创伤小，恢复快，一般术后住院3~5天左右就能恢复基本活动。开腹手术适用于情况较复杂的患者，术后住院时间相对长一些，可能需要7~10天。育龄期有生育需求的患者：对于有生育需求的育龄期女性，手术会尽量保留卵巢功能，会根据囊肿情况选择剥除囊肿的手术方式，尽量不影响日后受孕。而没有生育需求的患者，如果囊肿较大或有恶变可能，可能会考虑行单侧卵巢切除术等。
药物治疗情况
激素类药物：对于一些因内分泌因素引起的卵巢囊肿，比如子宫内膜异位囊肿，可能会使用短效避孕药等激素类药物。短效避孕药可以调节内分泌，抑制子宫内膜异位病灶的生长，从而控制囊肿的发展，但一般需要连续服用3~6个周期，且服药期间要注意可能出现的副作用，如类早孕反应等。其他药物：对于一些炎症性引起的卵巢囊肿，可能会使用抗生素等药物辅助治疗，但这一般是作为手术或其他治疗的辅助手段，单独使用药物消除囊肿的情况相对较少。