灰指甲治疗有多种方法，一般可以通过外用药物、口服药物以及手术等方式来改善，其中口服抗真菌药物是比较常用的有效方法，比如伊曲康唑等，通常需要连续服用几个月。
外用药物治疗
局部涂抹： 可以使用30%冰醋酸溶液，需要长期涂抹，一般每周涂抹3 - 4次，连续使用3 - 6个月以上，不过起效相对较慢。注意事项： 涂抹时要注意避免接触周围正常皮肤，以免造成刺激。
口服药物治疗
伊曲康唑： 采用冲击疗法，即每月服用1周，连续服用3 - 4个月。它能抑制真菌细胞膜的合成，达到抗真菌效果。适用人群： 肝功能正常的患者可以考虑使用，但用药前需检查肝功能。禁忌： 肝功能异常者禁用。特比萘芬： 每天口服250mg，连续服用6 - 12周。它能选择性抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜的合成。注意事项： 同样需要监测肝功能，有肝病史者要谨慎。
手术治疗
拔甲术： 适用于单发的灰指甲。手术需要将患甲拔除，不过术后恢复时间较长，大约需要2 - 3个月，而且术后可能会有疼痛、出血等情况，并且新长出来的指甲有可能再次感染真菌。术后护理： 术后要保持伤口清洁，避免沾水，防止感染。
综合护理辅助
保持足部干燥： 灰指甲患者要注意保持足部干燥，每天更换袜子，选择透气性好的鞋子，尽量让脚部处于干燥环境，因为真菌容易在潮湿环境中滋生，大约有60% - 70%的真菌性疾病与潮湿环境有关。避免交叉感染： 不要与他人共用拖鞋、脚盆等物品，防止将真菌传染给他人，也避免自身其他指甲被感染。