灰指甲治疗可通过外用药物、口服药物及手术等方式，其中外用药物治疗一般需要较长时间，通常需持续数月。比如外用阿莫罗芬搽剂，每周使用1-2次，坚持数月可能有效果，但起效相对较慢。
外用药物治疗
局部涂抹药剂：常用的有阿莫罗芬搽剂，它能抑制真菌细胞膜合成，从而发挥抗真菌作用。使用时要先清洁病甲，然后涂抹药剂，一般每周使用1 - 2次，需坚持数月才能看到明显效果。环吡酮胺乳膏：也可用于灰指甲治疗，它能改变真菌细胞膜的完整性，影响真菌代谢过程。涂抹在病甲部位，每天使用1 - 2次，要持续使用直至新甲长出。
口服药物治疗
伊曲康唑：属于抗真菌药物，它可以抑制真菌细胞色素P450酶系统，干扰真菌麦角固醇的合成，达到抗真菌效果。采用冲击疗法，即服用一周，停药三周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。但服用前需检查肝功能，因为它可能对肝脏有一定影响。特比萘芬：能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，影响真菌细胞膜的合成。一般每天口服一次，连续服用数月，如指甲灰指甲通常需连续服用12周左右，趾甲灰指甲可能需16周左右，同样服用前要关注肝功能情况。
手术治疗
病甲拔除术：对于单发的灰指甲，可考虑手术拔除病甲。但术后要注意护理，防止感染，而且新长出的指甲仍有复发灰指甲的可能。一般适用于病甲范围较小的情况，比如只有1 - 2个指甲受累时可考虑。激光治疗：利用激光的光热效应破坏真菌。激光治疗相对无创，不过可能需要多次治疗，每次治疗间隔一定时间，其效果因人而异，部分患者经过几次激光治疗后能改善灰指甲状况，但费用相对较高。