尿路感染主要是由细菌等病原体入侵泌尿系统引起的。据统计，女性一生中患尿路感染的概率较高，约50%左右会至少发生一次。
病原体感染因素
大肠杆菌为主因： 大约80%的尿路感染是由大肠杆菌引起的，这种细菌常存在于肠道中，当它进入尿道并繁殖时，就容易引发感染。比如女性的尿道短而直，距离肛门较近，大肠杆菌更易从尿道外口逆行进入尿道引发感染。其他病原体： 除了大肠杆菌，变形杆菌、克雷伯菌等也可能导致尿路感染。在免疫力低下的人群中，真菌（如白色念珠菌）、衣原体、支原体等病原体也可能引发尿路感染。
尿路结构与功能异常因素
尿路梗阻： 尿路结石、前列腺增生等情况会引起尿路梗阻，使得尿液排出不畅，细菌容易在尿路中滋生繁殖。例如尿路结石患者，结石阻碍了尿液的正常流动，尿液滞留为细菌提供了良好的生存环境，从而增加尿路感染的风险。膀胱输尿管反流： 婴幼儿时期膀胱输尿管反流较为常见，尿液从膀胱反流回输尿管甚至肾盂，容易导致细菌定植，引发尿路感染。随着年龄增长，部分患儿的膀胱输尿管反流可能会自行缓解，但婴幼儿时期需要特别关注。
机体免疫因素
免疫力低下人群： 糖尿病患者由于血糖高，有利于细菌生长繁殖，且自身免疫力相对较低，更容易发生尿路感染。长期使用免疫抑制剂的患者，如接受器官移植后需要长期服用免疫抑制剂的人群，免疫系统功能受抑制，抵御细菌感染的能力下降，尿路感染的发生率也会增加。局部黏膜防御能力下降： 绝经后的女性，体内雌激素水平降低，阴道和尿道黏膜变薄，局部防御能力减弱，容易发生尿路感染。另外，长期憋尿会使膀胱黏膜处于缺血状态，局部抵抗力下降，细菌容易入侵引发感染。