灰指甲主要是由皮肤癣菌感染引起的，据统计，约有超过50%的灰指甲是由皮肤癣菌中的红色毛癣菌导致的。
感染途径一：接触传染
直接接触： 与患有灰指甲的人直接接触，比如握手、共用毛巾等，就有可能被感染。比如在家庭生活中，如果家人有灰指甲，一起用毛巾擦拭身体，就增加了被传染的风险。间接接触： 接触被真菌污染的物品，像公共浴室、游泳池的地面，或者共用拖鞋等，也容易感染。公共浴室的地面潮湿，真菌容易滋生，若光着脚走在上面，就可能感染真菌引发灰指甲。
感染途径二：自身其他部位真菌蔓延
手足癣蔓延： 本身患有手足癣的人，真菌可能会蔓延到指甲部位。比如手上有手癣，经常用手去抓挠脚部，就容易导致指甲感染真菌，进而引发灰指甲。体癣等蔓延： 身体其他部位患有体癣等真菌感染性疾病，真菌也可能传播到指甲，引起灰指甲。例如腿部有体癣，搔抓后指甲接触到真菌，就可能被感染。
感染途径三：自身免疫等因素影响
免疫力低下： 当人体免疫力低下时，比如患有糖尿病、艾滋病等疾病，或者长期使用免疫抑制剂的人，更容易受到真菌的侵袭，引发灰指甲。糖尿病患者由于血糖高，环境适合真菌生长繁殖，且自身抵抗力相对较弱，就比正常人更容易得灰指甲。指甲创伤： 指甲受到外伤，比如砸伤、刺伤等，指甲的防御屏障被破坏，真菌就更容易侵入。例如踢足球时脚趾甲被踢伤，之后就可能感染真菌出现灰指甲症状。