扁平尤是由人类乳头瘤病毒（HPV）感染引起的良性表皮赘生物，治疗方法有多种，其中物理治疗是比较常用的方式。比如冷冻治疗，一般经过1 - 2次冷冻可能见到效果，但部分人可能需要多次治疗。
物理治疗方法
冷冻治疗： 通过低温使疣体坏死脱落，操作相对简便，不过治疗后局部可能会出现红肿、水疱等反应，一般1 - 2周可恢复。激光治疗： 利用激光的高能量烧灼疣体，能较快去除疣体，但可能会有疼痛，且要注意避免留疤，治疗后需保持创面清洁干燥。
外用药物治疗
鬼臼毒素酊： 适用于治疗直径≤10mm的扁平尤，它能抑制被人乳头瘤病毒感染细胞的分裂增殖，促使其坏死脱落，但使用时要注意避免接触正常皮肤，以免造成刺激。咪喹莫特乳膏： 可以调节局部免疫，刺激机体产生干扰素等细胞因子来对抗病毒，一般每周使用3次，6 - 10周为一个疗程，不过起效相对较慢。
免疫调节治疗
卡介菌多糖核酸： 能调节机体免疫功能，可通过肌肉注射来增强免疫力，辅助治疗扁平尤，一般需要连续注射一段时间，比如每周2 - 3次。转移因子口服液： 可将特异性和非特异性细胞免疫功能转移给受体，以提高免疫力，帮助清除病毒，通常需要按疗程服用。需要注意的是，儿童患者在治疗时要格外谨慎，物理治疗可能会给儿童带来较大不适，外用药物也需在医生指导下使用，避免自行用药造成不良影响。同时，治疗过程中要保持皮肤清洁，避免搔抓疣体，以防自身接种传播，使疣体增多。