治疗脑血栓的药物主要有以下几类。一般来说，溶栓药物是治疗脑血栓的重要药物之一，像阿替普酶，它可以通过溶解血栓来恢复脑部血流，但使用有严格的时间窗限制，通常需要在发病4.5小时内应用。
溶栓类药物
阿替普酶： 属于重组组织型纤溶酶原激活剂，能特异性地与血栓表面的纤维蛋白结合，激活纤溶酶原转化为纤溶酶，从而溶解血栓。不过，使用该药物需要严格把握时间，发病3 - 4.5小时内符合条件的患者可以考虑使用。尿激酶： 也具有溶解血栓的作用，可直接激活纤溶酶原变为纤溶酶，使血栓中的纤维蛋白水解，达到溶栓效果，一般在发病6小时内有应用机会。
抗血小板聚集药物
阿司匹林： 是常用的抗血小板聚集药物，通过抑制血小板的环氧化酶，减少血栓素A2的生成，从而抑制血小板聚集。一般建议脑血栓患者长期小剂量服用，比如每天75 - 150毫克，但有胃肠道疾病的患者要谨慎使用，可能会引起胃肠道不适等反应。氯吡格雷： 也是抗血小板聚集的药物，作用机制是选择性地抑制二磷酸腺苷（ADP）与血小板受体的结合，进而抑制血小板的聚集。对于不能耐受阿司匹林的患者，可以考虑使用氯吡格雷，它的起效相对较快，但价格可能相对较高。
神经保护类药物
依达拉奉： 具有清除自由基、减轻神经细胞损伤的作用。可以抑制脂质过氧化，从而抑制脑细胞、血管内皮细胞、神经细胞的氧化损伤。一般通过静脉滴注给药，能在一定程度上改善脑血栓患者的神经功能缺损症状。胞磷胆碱钠： 可以改善脑组织代谢，促进大脑功能恢复，增强上行性网状结构激活系统的功能，促进苏醒，对脑血栓引起的神经功能障碍有一定的改善作用，通常可以口服或静脉用药。