脑血栓是脑部血液供应障碍，缺血缺氧引起的局灶性脑组织的缺血性坏死或软化灶。脑血栓急性期的治疗，在3-4.5小时内，符合溶栓的可以行静脉溶栓，常用的药物有r-tpa静脉注射，是选择性的纤维蛋白溶解剂与血栓中纤维蛋白形成复合体，增强了与纤溶酶原的亲和力，是纤溶作用局限于血栓性的部位，从而达到溶解血栓的作用，还有尿激酶，链激酶。
抗凝的治疗。抗凝剂常用药物有肝素，低分子肝素，华法林。治疗期间应当监测凝血时间和凝血酶原时间。脑保护剂有Ca+2拮抗剂，镁离子兴奋性氨基酸，自由基清除剂，过氧化物歧化酶，维生素C和维生素E，甘露醇，依达拉奉等。
抗血小板药，对于脑梗死48小时内无选择性的急性脑梗死的病人，给予阿司匹林可以降低死亡率和复发率。神经细胞营养剂，胞磷胆碱细胞，色素C，辅酶A，辅酶Q10，中医中药也有应用前景，正在评价之中。
脑梗死患者有高血压病人应用降压药，高胆固醇的病人用降血脂的药。