要判断是不是百日咳，首先可以从症状表现来初步筛查。百日咳的典型病程分为卡他期、痉咳期和恢复期，卡他期一般持续7~10天，症状类似普通感冒，有咳嗽、流涕、打喷嚏、低热等；痉咳期会出现阵发性、痉挛性咳嗽，咳嗽末有深长的鸡鸣样吸气性吼声，一次阵咳可连续咳十几声至数十声，这个阶段可持续2~6周甚至更久。
从症状表现判断
卡他期表现： 发病初期类似普通上呼吸道感染症状，有轻咳、流涕、打喷嚏、低热等，此阶段持续时间约7 - 10天，这时候容易被当成普通感冒。痉咳期表现： 咳嗽逐渐加重，出现阵发性、痉挛性咳嗽，发作时连续不断地短咳十余声至数十声，直到咳出黏稠痰液或吐出胃内容物，咳嗽末伴有深长的鸡鸣样吸气性吼声，每天发作数次至数十次不等，夜间发作较白天频繁，这个阶段可持续2 - 6周左右。
结合流行病学史判断
接触史很重要： 如果孩子有与百日咳患者密切接触的情况，比如家庭成员、同学中有患百日咳的，那就需要高度警惕百日咳。因为百日咳主要通过飞沫传播，传染性较强。
实验室检查辅助判断
血常规检查： 痉咳期时白细胞总数明显增高，可达（20 - 50）×10^9/L甚至更高，淋巴细胞分类一般占60% - 80%。细菌培养： 发病早期取鼻咽拭子等标本进行细菌培养，若培养出百日咳杆菌可确诊，但阳性率在卡他期较高，痉咳期逐渐降低。血清学检查： 通过检测血清中百日咳特异性抗体，如酶联免疫吸附试验检测特异性IgM抗体，发病早期即可阳性，对早期诊断有一定帮助。