巧克力囊肿的症状主要有以下这些。一般来说，约1/3的患者没有明显症状，但常见的症状包括痛经、月经异常以及盆腔疼痛等。
痛经：渐进性加重
经期下腹疼痛：巧克力囊肿患者多会出现继发性痛经，且呈进行性加重。通常从月经前1 - 2天开始，一直持续到整个经期。比如有的患者以前来月经时只是轻微腹痛，随着病情发展，后来每次月经时腹痛越来越剧烈，严重影响日常生活和工作。疼痛部位与范围：疼痛多位于下腹深部和腰骶部，可放射至会阴、肛门或大腿等部位。
月经异常：经量、周期改变
经量增多：部分患者会出现月经量增多的情况，月经周期可能基本正常，但月经量较以往明显增多，有的甚至会导致贫血。经期延长：月经持续时间比正常情况延长，比如原本3 - 7天的经期，现在可能延长到10天左右。
盆腔疼痛：非经期也有不适
性交疼痛：在性生活时，可能会出现盆腔深部疼痛。尤其是在月经前性生活，疼痛会更为明显。盆腔隐痛：在非经期也可能有盆腔隐痛的情况，在进行妇科检查时，按压盆腔部位可能会有疼痛感觉。
其他表现：可能影响生育
不孕：巧克力囊肿可能会影响卵巢的正常功能以及输卵管的通畅性，从而导致不孕。据统计，约有30% - 50%的巧克力囊肿患者伴有不孕问题。腹部包块：如果囊肿较大，患者自己可能在下腹部摸到包块，而且随着囊肿增大，包块会逐渐明显。