扁桃体化脓主要是由细菌感染引起的，最常见的致病菌是A组乙型溶血性链球菌，约占化脓性扁桃体炎病因的50%左右。
细菌感染是主因
A组乙型溶血性链球菌感染： 这种细菌容易在人体抵抗力下降时侵入扁桃体，引发炎症反应，导致扁桃体化脓。比如在受凉、过度劳累后，人体免疫力降低，细菌就容易乘虚而入。葡萄球菌感染： 金黄色葡萄球菌等葡萄球菌也可能导致扁桃体化脓，它们会在扁桃体局部大量繁殖，引起化脓性病变。
免疫力低下易引发
儿童群体： 儿童的免疫系统还未完全发育成熟，相对更容易受到病原体的侵袭，所以儿童扁桃体化脓的发生率相对较高。比如3 - 10岁的儿童是扁桃体化脓的高发年龄段。免疫力低下的成人： 长期患有慢性疾病、过度劳累、营养不良等情况会使成人免疫力下降，像患有糖尿病、艾滋病等疾病的患者，扁桃体化脓的风险就会增加。
环境因素的影响
季节变化： 在季节交替的时候，气温变化较大，人体容易适应不良，从而降低抵抗力，增加扁桃体化脓的可能性。例如在冬春季节，扁桃体化脓的患者数量往往会增多。空气污染： 长期处于空气污染严重的环境中，空气中的有害颗粒、细菌等会刺激扁桃体，增加扁桃体感染化脓的几率。比如在工业污染严重的地区，居民扁桃体化脓的发生率可能高于其他地区。