卵巢畸胎瘤的病因目前尚未完全明确，一般认为可能与生殖细胞异常分化等因素有关。
生殖细胞异常分化因素
原始生殖细胞异常分化： 卵巢畸胎瘤起源于原始生殖细胞，在胚胎发育过程中，原始生殖细胞出现异常分化，就可能形成卵巢畸胎瘤。这种异常分化可能在胚胎早期就已发生，但具体触发异常分化的因素尚不十分清晰。多潜能细胞异位： 人体存在具有多潜能的细胞，正常情况下它们会发育成相应的组织器官，但如果这些多潜能细胞异位到卵巢部位，并且在特定条件下分化，就有可能形成卵巢畸胎瘤。不过目前对于多潜能细胞为何会异位到卵巢以及具体的分化调控机制还在研究中。
遗传因素相关
家族遗传倾向： 有研究发现，部分卵巢畸胎瘤患者存在一定的家族遗传倾向。如果家族中有亲属患有卵巢畸胎瘤，那么其他家族成员患卵巢畸胎瘤的风险可能会相对增高。但这并不是说有家族史就一定会发病，只是遗传因素在其中起到了一定的作用。不过具体的遗传方式还不明确，可能涉及多个基因的变化。染色体异常关联： 一些研究表明，卵巢畸胎瘤患者可能存在染色体异常情况。例如某些染色体数目或结构的改变可能与卵巢畸胎瘤的发生有关。不过染色体异常在卵巢畸胎瘤病因中所占的具体比重以及具体的染色体异常类型与发病的详细关联还需要进一步深入研究来明确。
胚胎发育环境因素
母体孕期环境影响： 母亲在孕期的一些环境因素可能会对胎儿卵巢的发育产生影响，从而增加胎儿日后患卵巢畸胎瘤的风险。比如孕期接触某些化学物质，虽然目前还没有确凿的证据表明特定化学物质与卵巢畸胎瘤的直接关联，但孕期的环境暴露是一个可能的影响方向。另外，孕期母亲的感染等情况也可能在一定程度上干扰胚胎的正常发育，不过这方面的研究还需要更多的证据来支撑。激素水平影响： 体内激素水平的异常也可能与卵巢畸胎瘤的发生有关。卵巢的正常功能受到激素的调节，当激素水平出现紊乱时，可能会影响卵巢生殖细胞的正常分化和发育，进而增加卵巢畸胎瘤的发病几率。例如雌激素、孕激素等激素水平的异常波动，可能会为卵巢畸胎瘤的形成创造一定的条件，但具体的激素作用机制还需要进一步探究。