肛门内疼可能由多种原因引起。比如肛裂，这是常见原因之一，肛裂导致的肛门内疼通常在排便时明显，疼痛程度轻重不一，有的可能持续数分钟到数小时。
一、肛肠疾病导致
1. 肛裂： 肛管皮肤全层纵行裂开形成小溃疡，排便时粪便刺激溃疡面神经，引起肛门内剧烈疼痛，还常伴有便血，血色鲜红，量一般较少。2. 痔疮： 尤其是内痔脱出嵌顿或血栓性外痔时，会出现肛门内疼痛。内痔脱出嵌顿的患者能感觉到肛门内有肿物，疼痛会随脱出程度加重而加剧；血栓性外痔则是肛门皮下血管破裂形成血栓，肛门内会有突然的剧烈疼痛，且能摸到硬结。
二、感染性因素
1. 肛窦炎： 肛窦受细菌感染引发炎症，患者会感觉肛门内坠胀、疼痛，还可能伴有肛门分泌物增多，排便时这种疼痛可能会加重。2. 肛周脓肿： 肛门直肠周围软组织或其周围间隙发生急性化脓性感染形成脓肿，初期肛门内会有持续性胀痛，逐渐加重为跳痛，病变处有明显红肿、压痛，严重时可伴有发热、乏力等全身症状。
三、肠道寄生虫病
1. 蛔虫感染： 当肠道内蛔虫较多时，可能会引起肛门内瘙痒、疼痛等不适，尤其在儿童中较为常见，儿童可能还会伴有食欲不振、夜间磨牙等表现。2. 蛲虫感染： 夜间蛲虫会爬出肛门在肛周产卵，刺激肛周及肛门内皮肤，导致肛门内瘙痒、疼痛，患儿会不自觉地搔抓肛门，影响睡眠。