乙肝大三阳难以根治，只有极少数可根治转阴。其难以根治原因主要如下：
一、病毒变异变化大。
二、大三阳患者病毒复制活跃，传染性强。部分患者产生耐药性，且治疗周期长，往往需要数年甚至更长时间用药，患者常因工作和家务等事耽误用药，或自认为无症状或已治愈就不用药，一段时间后病毒又复制，反复停药用药，导致病毒耐药或不规范用药而难以治愈。
但初发病例或儿童初次发病患者，少数可治愈或根治，这主要是因为儿童处于生长发育阶段，机体免疫系统进一步完善，免疫力增强，若一开始就规范坚持连续用药数年，一直规范使用抗病毒药物，多数能完全恢复且不复发，甚至产生免疫性抗体（乙肝表面抗体），之后就不易感染乙肝病毒。
总之，乙肝大三阳根治有难度，但对于特定情况的患者也存在根治的可能，关键在于规范治疗和坚持用药。