念珠菌是一种条件致病性真菌，人体感染念珠菌的途径有多种。一般来说，人体自身的菌群失调是常见的感染原因之一，比如当长期大量使用广谱抗生素时，会破坏阴道或肠道等部位的正常菌群平衡，使得念珠菌大量繁殖引发感染。另外，人体免疫力低下也是重要因素，像艾滋病患者、长期使用免疫抑制剂的人，由于机体抵抗力下降，更容易被念珠菌感染。
自身菌群失调引发感染
阴道内菌群失衡：正常情况下，阴道内有多种菌群相互制约，维持着相对稳定的环境。当长期使用抗生素、激素类药物等，会打破这种平衡，导致念珠菌大量生长繁殖，从而引发外阴阴道假丝酵母菌病，约75%的女性一生中至少会患1次此类疾病。肠道菌群紊乱：肠道中也存在念珠菌，一般处于相对少量存在的状态。如果滥用抗生素破坏了肠道正常菌群，念珠菌就可能过度增殖，进而引起肠道念珠菌感染，出现腹泻等症状。
免疫力低下导致感染
艾滋病患者：艾滋病病毒会攻击人体的免疫系统，特别是CD4+T淋巴细胞，使得患者免疫力严重下降，此时念珠菌很容易侵入人体各个部位，引发口腔念珠菌病、肺部念珠菌感染等多种感染情况，约50% - 70%的艾滋病患者会发生口腔念珠菌感染。长期使用免疫抑制剂者：比如器官移植后需要长期服用免疫抑制剂来防止排异反应的患者，他们的机体免疫功能受到抑制，念珠菌感染的风险大大增加，可能会出现全身性的念珠菌感染，影响多个器官功能。
接触传播引发感染
直接接触传播：与念珠菌感染者密切接触，比如性接触，女性念珠菌性阴道炎可以通过性接触传染给男性，引起男性的念珠菌性龟头炎。另外，共用毛巾、浴盆等个人物品也可能导致念珠菌的间接接触传播，虽然这种传播的概率相对较低，但在卫生条件较差的情况下也有可能发生。医院内环境接触：在医院里，一些医疗器械如果消毒不彻底，或者住院患者长时间处于潮湿、不清洁的环境中，也容易接触到念珠菌而引发感染，尤其是重症监护室等免疫力低下患者集中的区域，念珠菌感染的发生率相对较高。