扁平疣是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的一种良性赘生物，治疗方法有多种。一般来说，治疗可采用药物治疗、物理治疗等方式。比如药物治疗中常用的有维A酸类药物等。
药物治疗
外用药物： 维A酸类药物是常用的外用治疗扁平疣的药物，它可以调节细胞分化，起到一定的治疗作用，但使用时要注意可能会有局部刺激等不良反应。还有一些免疫调节剂的外用制剂，也可用于扁平疣的治疗，不过具体效果因人而异。口服药物： 对于一些病情较为顽固的扁平疣患者，可能会用到免疫调节剂的口服药物，不过这类药物使用需要谨慎，因为可能会有一定的副作用，且需要在医生的严格指导下使用。
物理治疗
冷冻治疗： 这是比较常用的物理治疗方法之一。医生会用低温的液氮来冷冻扁平疣疣体，通过低温使疣体坏死脱落。一般经过1 - 2次冷冻治疗，部分患者的疣体可以去除，但可能会有局部疼痛、水疱等不良反应，而且对于一些面积较大的扁平疣可能需要多次治疗。激光治疗： 利用激光的能量烧灼疣体，使其碳化坏死脱落。激光治疗的优势是可以精准地去除疣体，对于较小的扁平疣效果较好。不过激光治疗后局部会有创面，需要注意护理，避免感染，而且也有留下瘢痕的风险。
自体免疫疗法
原理： 通过促使机体产生免疫反应来清除病毒。具体操作是抽取患者自身血液，经过处理后再注射回体内，激发机体的免疫系统来攻击感染HPV的细胞。不过这种疗法并不是对所有患者都有效，而且在治疗过程中也可能会出现一些免疫相关的不良反应等情况。需要注意的是，扁平疣具有一定的传染性，在治疗过程中要避免搔抓疣体，防止自身接种传播。同时，不同的治疗方法适用于不同的患者，患者应在医生的评估下选择合适的治疗方案。