扁平疣的根治方法包括物理治疗、外用药物治疗、系统药物治疗、中医治疗等，具体治疗方法应根据患者的具体情况选择。
1.物理治疗：包括冷冻治疗、电灼疗法、激光治疗等，适用于疣体数目较少者。这些治疗方法可以直接破坏疣体，使其脱落。
冷冻治疗：利用低温液氮使疣体组织坏死、脱落。该方法适用于扁平疣数量较少、疣体较小的患者。治疗后，局部可能会出现水疱、结痂，通常1~2周后痂皮会自然脱落，疣体也会随之去除。
电灼疗法：通过电流产生的高温将疣体烧灼去除。该方法适用于疣体较小、较表浅的患者。治疗后，局部会形成痂皮，通常1~2周后痂皮会脱落，疣体也会随之去除。
激光治疗：利用激光的高温作用将疣体烧灼去除。该方法适用于疣体较小、较表浅的患者。治疗后，局部会形成痂皮，通常1~2周后痂皮会脱落，疣体也会随之去除。
2.外用药物治疗：可外用维A酸乳膏、咪喹莫特乳膏等药物，也可使用5%氟尿嘧啶软膏、干扰素凝胶等。这些药物可以促进疣体的脱落，适用于疣体数目较少者。
维A酸乳膏：该药物可以调节表皮细胞的有丝分裂，促进扁平疣的消退。使用时，应先将疣体部位清洁干净，然后取适量药膏涂于患处，轻轻按摩至药物吸收。
咪喹莫特乳膏：该药物可以诱导表皮细胞的增生和分化，促进扁平疣的消退。使用时，应先将疣体部位清洁干净，然后取适量药膏涂于患处，保留6~10小时后再清洗干净。
5%氟尿嘧啶软膏：该药物可以抑制扁平疣细胞的生长和繁殖，适用于扁平疣数目较少者。使用时，应先将疣体部位清洁干净，然后取适量药膏涂于患处，每天1~2次。
干扰素凝胶：该药物可以抑制病毒的复制和增殖，调节免疫功能，适用于扁平疣数目较多者。使用时，应先将疣体部位清洁干净，然后取适量药膏涂于患处，每天3~4次。
3.系统药物治疗：可使用抗病毒药物，如干扰素、胸腺肽等，调节免疫功能，以达到治疗目的。适用于扁平疣数目较多、疣体较大者。
干扰素：该药物可以抑制病毒的复制和增殖，调节免疫功能，适用于扁平疣数目较多、疣体较大者。使用时，通常采用肌肉注射或皮下注射的方式，剂量和疗程应根据患者的具体情况而定。
胸腺肽：该药物可以增强免疫细胞的活性，提高机体的免疫力，适用于扁平疣数目较多、疣体较大者。使用时，通常采用肌肉注射或皮下注射的方式，剂量和疗程应根据患者的具体情况而定。
4.中医治疗：中医认为扁平疣是由气血失和、腠理不密，外感风邪，搏于肌肤而发，治疗多以清热解毒、活血散结为主，可使用中药调理。
中药调理：中医治疗扁平疣多采用清热解毒、活血散结的方法，常用的中药有板蓝根、马齿苋、紫草、赤芍等。使用时，应根据患者的具体情况辨证论治，选择合适的中药方剂进行调理。
5.其他治疗：还可采取自体疣免疫疗法、疣体埋植等方法进行治疗。
自体疣免疫疗法：该方法是将患者自身的疣体组织取出，经过处理后制成疫苗，再注射到患者体内，以激发机体的免疫反应，达到治疗扁平疣的目的。
疣体埋植：该方法是将患者自身的疣体组织取出，经过处理后埋植到患者的皮下，以激发机体的免疫反应，达到治疗扁平疣的目的。
需要注意的是，扁平疣的治疗方法应根据患者的具体情况选择，如疣体的大小、数量、分布范围、患者的年龄、免疫状态等。同时，治疗后还需要注意皮肤护理，避免搔抓、感染，以减少复发的风险。如果扁平疣症状严重或治疗效果不佳，建议及时就医，在医生的指导下进行治疗。