包皮过短主要是由先天性因素和后天性因素导致。先天性因素方面，胚胎发育过程中包皮发育异常，就可能出现包皮过短情况，这是与生俱来的。后天性因素中，创伤是常见原因之一，比如会阴部受到外伤，像严重的撕裂伤等，在创伤修复过程中，可能会导致包皮组织粘连、瘢痕形成，进而引起包皮过短；另外，包皮部位的感染也可能引发包皮过短，比如反复的包皮龟头炎，炎症长期刺激会使包皮组织增生、瘢痕化，影响包皮正常的伸展性，从而导致包皮过短。
先天性发育异常导致
胚胎发育阶段问题： 在胚胎时期，包皮的发育有着特定的进程。如果在这个过程中出现基因表达异常或者发育调控出现偏差，就会使得包皮的长度和结构发生改变，出现过短的情况。这种先天性的发育异常往往从出生时就存在相关表现，不过可能在儿童时期或者青春期才会被逐渐发现包皮过短带来的一些影响，比如可能影响阴茎的正常勃起等情况。遗传因素关联： 有研究发现，包皮过短可能存在一定的遗传倾向。如果家族中有亲属存在包皮发育异常的情况，那么后代出现包皮过短的概率可能会相对增高。当然，遗传并不是唯一因素，只是有一定的关联可能性。
创伤引起包皮过短
外伤程度影响： 当会阴部受到较重的外伤时，比如暴力撞击等导致包皮组织受到严重损伤。如果外伤没有得到妥善的修复，或者修复过程中出现了异常，就容易引发包皮过短。例如，严重的会阴部撕裂伤，如果在缝合时没有正确对合包皮组织，就可能导致包皮愈合后出现过短的情况。一般来说，外伤后如果超过一定时间没有恢复正常的包皮长度，就要考虑创伤导致包皮过短的可能。创伤修复过程： 在创伤修复的过程中，身体会启动瘢痕修复机制。如果包皮部位的瘢痕修复过度，就会使包皮组织挛缩，进而造成包皮过短。比如外伤后瘢痕组织不断增生，就会限制包皮的伸展，使得包皮不能正常覆盖或者回缩等。
炎症引发包皮过短
反复炎症刺激： 像包皮龟头炎，如果频繁发作，炎症因子会持续刺激包皮组织。长期的炎症刺激会导致包皮组织发生病理性改变，例如出现纤维化等情况。一般来说，包皮龟头炎反复发作超过3次以上，就需要警惕可能会引发包皮过短。炎症导致的包皮过短往往是一个逐渐发展的过程，刚开始可能只是有一些包皮不适，随着炎症反复，慢慢就会出现包皮过短的表现。炎症治疗不彻底： 如果包皮龟头炎在治疗时没有彻底治愈，炎症持续存在，也容易导致包皮组织出现异常改变。比如使用抗生素治疗时疗程不够，没有完全消除炎症，炎症持续刺激包皮，就会影响包皮的正常结构和长度，进而引发包皮过短。