包皮过短通常是由先天性发育异常或后天性损伤等原因引起。一般来说，先天性因素导致的包皮过短可能在出生时就存在一定的发育结构问题；而后天性的比如外伤、感染等因素也可能破坏包皮正常结构，导致包皮过短情况出现。
先天性发育因素导致
胚胎发育阶段异常： 在胚胎发育时期，生殖系统的正常分化过程出现偏差，可能使得包皮组织的生长发育出现异常，从而导致包皮过短。这种先天性的发育异常往往从出生起就存在相关表现，但可能在儿童成长过程中才逐渐被发现包皮过短影响到阴茎的正常功能等情况。遗传因素影响： 如果家族中有相关的遗传倾向，那么后代出现包皮过短的概率可能会相对增加。遗传物质中某些基因的异常可能会干扰包皮正常的发育进程，使得包皮在生长发育阶段就出现结构上的异常，导致包皮过短的情况发生。
后天性损伤或疾病因素导致
外伤导致： 阴茎部位受到严重的外伤，比如暴力撞击、切割伤等，在受伤恢复过程中，包皮组织可能因为创伤修复而出现瘢痕挛缩等情况，进而引起包皮过短。例如，在一些工伤或者意外事故中，阴茎部位受到外伤，如果没有得到妥善且正确的治疗，就可能遗留包皮过短的问题。感染性疾病影响： 阴茎部位发生严重的感染性疾病，像阴茎部位的特异性感染或者反复的非特异性感染，长期的炎症刺激会导致包皮组织发生病理性改变，出现组织粘连、纤维化等情况，最终引起包皮过短。比如阴茎部位患梅毒等性传播疾病后，如果治疗不及时、不规范，就可能影响到包皮的正常结构，导致包皮过短。医源性因素： 在一些阴茎相关的手术过程中，比如不当的包皮手术操作，切除包皮过多等，也会造成包皮过短的情况。例如在一些不正规的医疗机构进行包皮环切手术时，医生操作失误，切除包皮的量不合适，就可能导致术后包皮过短，影响阴茎的正常功能和外观等。