上完厕所小腹痛且右侧肾疼，可能与以下原因有关。
1.右侧输尿管结石：如果结石位于输尿管下段，可刺激肠道引起腹痛，疼痛可向右侧腹股沟区及会阴部放射，伴有血尿。
2.右侧肾盂肾炎：常表现为尿频、尿急、尿痛，同时可伴有右侧腰痛、腹痛，可有发热、寒战等全身症状。
3.右侧输尿管炎：多由结石、肿瘤等引起，可导致输尿管黏膜充血、水肿，出现腹痛、腰痛，可伴有血尿。
4.右侧肠痉挛：多与饮食不当、腹部受凉等有关，可导致肠道平滑肌痉挛，出现腹痛，疼痛部位可在右侧腹部。
5.其他：女性患者还需排除右侧附件炎、右侧卵巢囊肿蒂扭转等疾病。
如果疼痛持续不缓解或伴有其他症状，建议及时就医，完善相关检查，如血常规、尿常规、腹部超声等，以明确病因，并进行针对性治疗。在就诊前，应注意休息，避免剧烈运动，避免进食辛辣、刺激性食物。