自然流产是指妊娠不足28周、胎儿体重不足1000g而终止妊娠的情况，其病因较为复杂，常见的有以下几类：
染色体异常相关病因
胚胎染色体异常：大约50% - 60%的早期自然流产是由胚胎染色体异常引起的。染色体数目异常是最常见的，比如三体、单体等情况；染色体结构异常也可能导致胚胎发育异常进而引发流产。父母染色体异常：若父母一方存在染色体平衡易位、倒位等结构异常，有可能遗传给胚胎，从而增加自然流产的风险。例如，平衡易位携带者生育时，胚胎有1/4的概率是正常核型，1/4是平衡易位核型，1/2是不平衡易位核型，不平衡易位核型往往会导致流产、死胎等情况。
母体因素相关病因
内分泌因素：
- 黄体功能不全：女性黄体分泌的孕酮对维持妊娠至关重要。黄体功能不全时，孕酮分泌不足，不能满足胚胎着床和发育的需求，约占自然流产病因的10% - 20%。例如，有研究发现，黄体期短于11天的女性自然流产发生率明显升高。
- 甲状腺功能异常：甲状腺功能减退会影响胚胎的发育环境，甲状腺功能亢进也与自然流产相关。甲状腺激素水平异常会干扰胚胎的正常生长代谢，增加流产风险。
生殖系统解剖异常：
- 子宫畸形：如纵隔子宫、单角子宫等子宫畸形，会使子宫腔形态异常，影响胚胎的着床和发育空间。据统计，子宫畸形患者自然流产的发生率比正常女性高。
- 宫腔粘连：多次人工流产、刮宫等操作可能导致宫腔粘连，使宫腔有效容积减小，影响胚胎着床，进而引发流产。
免疫因素相关病因
自身免疫性抗体异常：
- 抗磷脂抗体综合征：体内存在抗心磷脂抗体、狼疮抗凝物等自身抗体时，会影响胎盘的血管形成，导致胎盘血栓形成、梗死，从而引起流产。大约15% - 20%的复发性流产与抗磷脂抗体综合征有关。
- 其他自身免疫性疾病：如系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病，患者体内的自身抗体可能攻击胎盘组织，影响妊娠，增加自然流产的发生几率。
同种免疫异常：母体对胚胎的免疫耐受不足，导致母体免疫系统攻击胚胎，也会引发自然流产。例如，母胎界面免疫平衡失调，Th1/Th2细胞因子失衡，Th1型细胞因子占优势时，可能导致流产发生。