三叉神经痛的病因目前尚未完全明确，大致可能与以下几方面因素有关。一般认为，血管压迫是引发原发性三叉神经痛的常见原因之一，约有超过 90%的原发性三叉神经痛是由于三叉神经根部受到异常走行的血管压迫，比如小脑上动脉、小脑前下动脉等血管压迫神经，随着年龄增长，血管发生生理性迂曲、硬化等改变，这种压迫作用更易出现。
血管因素相关
血管压迫机制： 异常走行的血管长期压迫三叉神经，会使神经纤维的髓鞘受损，导致神经冲动发生“短路”，从而引发疼痛。例如，年轻患者中若存在血管发育异常压迫三叉神经，就可能在成年后逐渐出现疼痛症状。动脉硬化影响： 随着年龄增长，动脉硬化发生率升高，血管弹性变差，更容易对三叉神经造成压迫，这也是中老年人三叉神经痛发病率相对较高的原因之一。
神经病变因素
神经脱髓鞘改变： 三叉神经感觉根或半月节部位发生脱髓鞘病变时，神经纤维之间的绝缘能力下降，相邻纤维的电活动会相互干扰，使得原本正常的触觉等感觉信号错误地传导，进而引发疼痛。比如某些炎症、外伤等因素可能导致神经出现脱髓鞘情况。肿瘤压迫： 颅底肿瘤、桥小脑角肿瘤等也可能压迫三叉神经，引起继发性三叉神经痛。像脑膜瘤、听神经瘤等肿瘤生长过程中，逐渐压迫三叉神经，就会导致疼痛症状出现，这类情况相对原发性三叉神经痛占比较少，但也需要重视排查。
其他可能因素
遗传因素： 有研究发现，三叉神经痛可能存在一定的遗传易感性，某些家族中三叉神经痛的发病率相对较高，不过具体的遗传方式等还在进一步研究中。精神心理因素： 长期精神紧张、焦虑、抑郁等情绪状态可能会诱发或加重三叉神经痛。比如一些长期处于高压工作环境的人群，更容易出现三叉神经痛发作频率增加的情况，因为精神心理因素可能会影响神经系统的调节功能，进而对三叉神经的感觉传导产生影响。