非淋菌性尿道炎通常由沙眼衣原体、解脲支原体等病原体感染引起，治疗药物主要有大环内酯类、四环素类等。一般来说，根据病原体类型选择合适药物，大多能取得较好疗效。
大环内酯类药物
阿奇霉素： 是常用的大环内酯类药物，对沙眼衣原体、解脲支原体等有较好的抑制作用。一般单次口服较大剂量即可发挥作用，但需注意胃肠道反应，部分人可能出现恶心、呕吐等情况。红霉素： 也属于大环内酯类，可用于非淋菌性尿道炎的治疗，不过胃肠道刺激相对较明显，服用后可能出现腹痛、腹泻等症状。
四环素类药物
多西环素： 对衣原体、支原体等病原体有抑制效果。需要注意的是，8岁以下儿童禁用多西环素，因为可能影响牙齿和骨骼发育。米诺环素： 同样是四环素类，抗菌谱与多西环素有相似之处，使用时也需关注可能出现的头晕等不良反应。
其他药物
氧氟沙星： 属于喹诺酮类药物，对非淋菌性尿道炎也有一定疗效，但18岁以下未成年人禁用，因为可能影响软骨发育。左氧氟沙星： 也是喹诺酮类，使用时要注意可能引起的中枢神经系统反应，如头晕、头痛等，且18岁以下人群同样禁用。在治疗非淋菌性尿道炎时，患者要注意遵循医嘱用药，完成整个疗程，避免擅自停药，否则容易导致病情反复。同时，治疗期间要避免性生活，防止交叉感染，性伴侣也需要同时检查和治疗。另外，用药过程中如果出现严重的不适反应，应及时就医调整治疗方案。