疱疹性咽峡炎主要由肠道病毒引起，治疗上一般以对症处理为主。通常病程在1周左右，多数患儿可自行康复。
一般对症治疗
发热处理： 如果体温在38.5℃以上，可使用对乙酰氨基酚等药物进行退热，能帮助缓解发热带来的不适。一般间隔4-6小时可重复用药，24小时内不超过4次。口腔护理： 患病期间孩子口腔会有疱疹、溃疡，会比较疼痛，要保持口腔清洁，饭后可以用温水漱口，减少口腔细菌滋生，减轻疼痛。
抗病毒药物使用
常用药物： 对于肠道病毒引起的疱疹性咽峡炎，目前并没有特效的抗病毒药物。但如果是由柯萨奇病毒A组引起，在发病早期可以考虑使用干扰素α喷雾或雾化，它能抑制病毒复制，减轻症状，但一般不常规使用。谨慎用药： 不建议自行滥用抗生素，因为疱疹性咽峡炎是病毒感染，抗生素对病毒无效，滥用还可能导致耐药等问题。
饮食注意事项
食物选择： 患病孩子饮食要清淡、易消化，比如可以吃小米粥、软面条等。避免吃辛辣、刺激性、过烫的食物，这些食物会刺激口腔疱疹，加重疼痛。营养补充： 要保证孩子摄入足够的营养，多吃富含维生素的蔬菜水果，像橙子、菠菜等，有助于增强身体抵抗力，促进病情恢复。
隔离与休息
隔离要求： 疱疹性咽峡炎具有传染性，发病后要隔离2周左右，避免交叉感染，尤其是不要去人员密集的场所。休息保证： 让孩子多休息，充足的睡眠有助于身体恢复。居住环境要保持通风良好，温度和湿度适宜，一般室温保持在22-25℃，湿度50%-60%比较合适。