婴儿毛细血管瘤的病因目前尚未完全明确，一般认为可能与多种因素有关。目前研究发现，胚胎发育过程中血管形成调控机制异常可能是重要原因之一，约10%的婴儿毛细血管瘤患儿有家族史相关的遗传因素影响。
胚胎发育因素：
血管形成调控失常： 在胚胎发育早期，血管形成过程中某些基因的异常表达可能导致血管异常增殖。例如，一些生长因子相关基因的突变或表达失衡，会干扰正常的血管生成调控，使得局部血管过度增生形成毛细血管瘤。一般在胚胎发育的前8周左右，这种血管形成的关键时期若出现调控问题，就容易埋下隐患。原始脉管异常分化： 胚胎时期原始脉管的分化出现异常，本应正常退化的血管组织没有按正常进程消退，而是持续增殖，进而发展为毛细血管瘤。这种原始脉管的异常分化具体机制尚在进一步研究中，但已被认为是导致婴儿毛细血管瘤的重要胚胎发育相关因素。
雌激素相关因素：
体内雌激素水平影响： 有研究发现，婴儿体内雌激素水平的变化可能与毛细血管瘤的发生有关。女婴相对男婴更容易患毛细血管瘤，可能与女性婴儿体内雌激素相对较高有关。母体内分泌的雌激素等也可能通过胎盘影响胎儿，导致胎儿局部血管对雌激素敏感，引发血管异常增殖形成毛细血管瘤。例如，孕期母亲若有一些激素相关的情况，可能会影响胎儿体内的激素平衡，增加婴儿患毛细血管瘤的风险。
其他可能因素：
环境因素干扰： 孕期母亲所处的环境因素也可能对婴儿毛细血管瘤的发生有一定影响。比如孕期母亲接触某些化学物质、受到辐射等，可能干扰胎儿的血管发育过程，增加婴儿患毛细血管瘤的几率。虽然具体的环境因素与毛细血管瘤的关联程度还需更多研究证实，但这也是被关注的一个方面。血管内皮细胞异常： 血管内皮细胞的异常增殖和功能改变也是导致婴儿毛细血管瘤的因素之一。正常情况下血管内皮细胞的增殖和凋亡处于平衡状态，而在患有毛细血管瘤的婴儿体内，这种平衡被打破，血管内皮细胞过度增殖，形成瘤样病变。目前对于血管内皮细胞异常的具体分子机制还在深入探究中，但这是从细胞水平解释婴儿毛细血管瘤成因的一个重要方向。