婴儿毛细血管瘤的病因目前尚未完全明确，可能与多种因素有关。一般认为，胚胎发育过程中血管发育异常是重要原因之一。比如在胚胎早期，血管组织分化阶段，控制血管分化的基因段出现小范围错构，就可能导致特定部位组织分化异常，进而发展成毛细血管瘤。
遗传因素相关
家族遗传倾向： 有研究发现，部分婴儿毛细血管瘤的发生可能与遗传因素有关。如果家族中有亲属曾患有类似的血管病变，那么婴儿患毛细血管瘤的风险可能会相对增加。不过，这种遗传并不是绝对的，只是存在一定的家族聚集性概率。基因层面影响： 从基因角度来看，某些特定基因的突变或异常表达可能与毛细血管瘤的形成相关。但目前对于具体是哪些基因以及如何通过基因来准确预测和预防毛细血管瘤的发生，还在进一步的研究探索中。
胚胎发育阶段因素
早期血管形成异常： 在胚胎发育的早期，血管系统开始形成的阶段，如果受到一些不利因素影响，就可能导致血管形成出现异常。例如，在胚胎 3 - 8 周时，血管组织的分化过程中出现紊乱，原本应该正常退化的血管没有按时退化，就可能残留并发展为毛细血管瘤。血管内皮细胞异常增殖： 胚胎时期血管内皮细胞的异常增殖也是导致毛细血管瘤的关键因素之一。正常情况下，血管内皮细胞的增殖和凋亡处于平衡状态，但在胚胎发育异常时，这种平衡被打破，内皮细胞过度增殖，从而形成异常的血管团，逐渐发展成为毛细血管瘤。
孕期母体因素
孕期感染： 孕妇在怀孕期间如果受到某些病毒感染，如风疹病毒等，可能会影响胚胎的血管发育，增加婴儿出生后患毛细血管瘤的几率。有研究表明，孕期母亲感染风疹病毒后，婴儿发生毛细血管瘤的风险比正常孕妇所生婴儿要高一些。孕期接触不良物质： 孕妇在孕期接触一些有害的化学物质、放射性物质等，也可能对胚胎的血管发育产生不良影响。比如长期接触含有苯等有害物质的环境，或者接受过不必要的大剂量放射性检查等，都可能干扰胚胎正常的血管形成过程，进而导致婴儿毛细血管瘤的发生。