反流性食道炎常用的药物有抑酸药等，比如质子泵抑制剂中的奥美拉唑等，一般规范用药能有效缓解症状。通常规范治疗后数天到数周症状可改善。
抑酸药物：
质子泵抑制剂：这类药物能强效抑制胃酸分泌，像奥美拉唑，它可以特异性地作用于胃黏膜壁细胞，抑制胃酸分泌的最后步骤，从而减轻胃酸对食管黏膜的刺激，一般用药后能较快缓解烧心、反酸等症状。H₂受体拮抗剂：例如雷尼替丁，通过阻断组胺H₂受体来减少胃酸分泌，对轻至中度反流性食道炎有一定的治疗作用，但抑制胃酸的强度相对质子泵抑制剂稍弱。
促胃肠动力药物：
多潘立酮：能增强食管下括约肌张力，促进胃排空，减少胃内容物反流至食管，可改善反流相关症状。不过，儿童使用时需注意剂量等问题，且不宜长期大量服用。莫沙必利：也是促进胃肠动力的药物，能促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道蠕动，加快胃排空，进而减轻反流症状，它的不良反应相对较少，但也需在医生指导下使用。
黏膜保护剂：
铝碳酸镁：可以中和胃酸，还能在食管、胃黏膜表面形成保护膜，减轻胃酸、胆汁等对黏膜的损伤，缓解烧心、胃痛等症状，一般服用后能较快发挥作用，而且安全性较好，但长期大量服用可能会引起便秘等不良反应。硫糖铝：能在溃疡面或炎症处形成一层保护膜，保护食管黏膜免受胃酸的侵蚀，从而促进黏膜修复，但服用时要注意与其他药物间隔一定时间，避免相互影响药效。