甲状腺结节的病因较为复杂，据统计，单纯性甲状腺肿流行地区甲状腺结节的患病率可高达 35%以上。
一、遗传因素相关
家族遗传倾向： 某些甲状腺结节具有一定的遗传易感性。如果家族中有甲状腺结节患者，尤其是有甲状腺髓样癌等遗传性甲状腺疾病家族史的人群，其自身患甲状腺结节的风险可能会相对较高。比如，家族性甲状腺髓样癌是由RET原癌基因突变引起的常染色体显性遗传病，携带相关突变基因的个体发生甲状腺结节且为髓样癌的概率会明显增加。
二、碘摄入异常导致
碘摄入过多： 长期摄入过量的碘，可能会影响甲状腺激素的合成与调节，从而增加甲状腺结节的发生风险。例如，一些沿海地区居民长期大量食用含碘丰富的海产品，若碘摄入超出身体需要，就可能引发甲状腺结节。碘摄入不足： 当人体长期处于碘缺乏状态时，垂体分泌促甲状腺激素（TSH）增多，刺激甲状腺增生肥大，也容易形成结节。在一些内陆缺碘地区，居民患甲状腺结节的比例相对较高。
三、内分泌紊乱影响
激素水平变化： 女性在青春期、妊娠期、哺乳期等特殊生理时期，体内激素水平会发生较大波动。比如妊娠期，女性体内雌激素水平升高，可能会对甲状腺的结构和功能产生影响，使甲状腺结节的发生率有所上升。另外，长期的精神压力过大、焦虑等情绪问题，也可能通过影响神经 - 内分泌 - 免疫网络，导致甲状腺激素分泌失衡，进而引发甲状腺结节。例如，长期精神紧张的人群，其甲状腺结节的发病几率可能比心态平和的人要高一些。
四、放射性暴露因素
职业性放射性接触： 某些职业人群长期处于放射性环境中，如从事放射医学、核能相关工作的人员，长期受到射线照射，会增加甲状腺细胞的突变风险，从而诱发甲状腺结节。研究表明，长期接受电离辐射的人群，甲状腺结节的发生率明显高于普通人群。医疗性放射性检查： 过于频繁的颈部 X 线、CT 等放射性检查，也可能使甲状腺组织受到一定剂量的辐射，增加甲状腺结节发生的可能性。不过一般情况下，单次的医疗性放射性检查所接受的辐射剂量较低，引发甲状腺结节的风险相对较小，但也应尽量避免不必要的放射性检查。