扁桃体长疙瘩的治疗需根据具体病因来定。如果是扁桃体炎引起的淋巴滤泡增生，可先观察，一般经过规范治疗，1 - 2周可能会有好转。若是扁桃体乳头状瘤等新生物，可能需要手术切除。
感染性因素导致的疙瘩治疗
细菌感染引发： 常见的是链球菌感染导致扁桃体炎，出现疙瘩样改变。可以使用抗生素治疗，比如青霉素类抗生素，不过要注意部分人可能对青霉素过敏，用药前需做皮试。一般用药后3 - 5天能看到症状改善，比如疙瘩周围红肿等情况减轻。病毒感染引发： 像EB病毒感染引起的传染性单核细胞增多症，也会导致扁桃体长疙瘩。目前对于EB病毒感染暂无特效抗病毒药物，主要是对症支持治疗，发热时体温超过38.5℃可使用布洛芬等退热药物，一般病程在2 - 4周左右，症状会逐渐缓解。
新生物导致的疙瘩治疗
扁桃体乳头状瘤： 这是一种良性肿瘤，主要治疗方法是手术切除。手术一般在喉镜下进行，相对微创。术后要注意保持口腔清洁，避免感染，通常术后1周左右创面能初步愈合。扁桃体恶性肿瘤： 比较少见但需重视，若确诊为扁桃体癌等恶性肿瘤，通常需要综合治疗，包括手术、放疗、化疗等。手术方式根据肿瘤范围而定，术后可能需要辅助放化疗，整个治疗周期较长，可能需要数月时间，且治疗过程中要密切监测身体状况。
其他因素导致的疙瘩治疗
扁桃体结石： 对于较小的扁桃体结石，可使用镊子等工具取出。如果结石较多、反复出现，可考虑扁桃体切除术。一般在取出结石后，注意保持口腔卫生，每天早晚刷牙、饭后漱口，能减少结石复发，取出结石过程较快，几分钟可能就能完成。