肾上积水通常是由尿路梗阻等原因造成的。比如，尿路结石是导致肾上积水比较常见的原因，结石会堵塞输尿管等尿路通道，使尿液排出受阻，进而引起肾积水，据统计，约有一半的肾积水是由尿路结石引起的。
一、泌尿系统结石导致
尿路结石： 肾结石、输尿管结石等都可能引发肾上积水。肾结石是肾脏内形成的固体物质，当结石移动到输尿管狭窄部位时，就会堵塞输尿管，阻碍尿液从肾脏流向膀胱，时间一长就会造成肾积水。输尿管结石同理，结石卡在哪里，哪里就会发生梗阻，引起肾积水。尿道结石： 尿道结石相对少见，但也可能导致尿液排出不畅，引发肾积水。男性尿道有三个狭窄部位，结石容易卡在这些地方，从而影响尿液的正常排出。
二、泌尿系统先天性畸形引起
肾盂输尿管连接部狭窄： 这是一种先天性的结构异常，胎儿在发育过程中，肾盂和输尿管连接的部位没有正常发育，导致连接狭窄，尿液排出受阻，进而引起肾积水。这种情况在儿童中相对多见。膀胱输尿管反流： 正常情况下，尿液从输尿管流入膀胱是单向的，但如果出现膀胱输尿管反流，尿液会从膀胱逆流回输尿管甚至肾脏，长期如此就会造成肾积水。这也是先天性的一种泌尿系统畸形。
三、泌尿系统外病变压迫所致
盆腔肿瘤： 女性的子宫肌瘤、卵巢肿瘤等盆腔内的肿瘤，男性的前列腺癌等，当肿瘤增大到一定程度时，可能会压迫输尿管，导致尿路梗阻，引起肾积水。比如较大的子宫肌瘤可能会压迫输尿管下段，影响尿液排出。腹膜后纤维化： 腹膜后组织发生纤维化病变，会包裹、压迫输尿管，使输尿管管腔变窄，尿液排出受阻，从而引发肾积水。这种情况相对比较少见，但也是导致肾积水的一个原因。