巧克力囊肿（即卵巢子宫内膜异位囊肿）通常在合理治疗后有一定几率能根治。卵巢子宫内膜异位囊肿是因异位的子宫内膜在卵巢生长，伴随月经周期出血而形成存有陈旧性积血的囊肿。
其治疗方法包括：
一、药物治疗：患者必须在医生指导下用药，不可自行用药，常用药物有：
1.布洛芬：有镇痛作用。
2.屈螺酮炔雌醇片：可调节激素水平。
3.去氧孕烯炔雌醇片：有助于改善病情。
4.地诺孕素片：能缓解症状。
5.散结镇痛胶囊：起到散结止痛的效果。
6.通迪胶囊：可辅助治疗。
二、手术治疗：手术主要目的是切除病灶并恢复正常解剖结构，医生会依据患者症状、病变部位、有无生育需求等多方面因素综合考量，选择合适的手术方式，常见的手术方式有：
1.开腹手术：较为传统的手术方法。
2.经腹腔镜手术：具有创伤小等优点。
关于卵巢子宫内膜异位囊肿的病因，目前尚未完全明确，可能与以下因素相关：
1.经血逆流：是重要原因之一。
2.体腔上皮化生：可能参与发病过程。
3.家族遗传：有一定遗传倾向。
4.体内雌激素水平异常：会影响病情。
5.下生殖道梗阻：可能诱发该疾病。
6.自身免疫性疾病：或许有关联。
总之，对于卵巢子宫内膜异位囊肿，了解其病因、治疗方法等十分重要，以便能及时进行有效的诊治。