巧克力囊肿是“肿块”但并非是“肿瘤”，它是子宫内膜异位症的一种病变。这种疾病是可以根治的，治疗方法主要有以下两种：
1.药物治疗：通过药物来对抗或抑制卵巢的周期性内分泌刺激。这类药物的作用原理是通过抑制卵巢的周期性变化，使异位的子宫内膜停止生长，进而萎缩。但是，药物治疗并不能彻底消除巧克力囊肿，停药后可能会复发，且需要长期服药，有一定的副作用。
2.手术治疗：手术治疗巧克力囊肿的目的主要是去除囊肿，减轻疼痛，恢复生育能力。手术方式包括传统的开腹手术和腹腔镜微创手术。腹腔镜微创手术具有创伤小、恢复快等优点，已成为治疗巧克力囊肿的首选方法。
巧克力囊肿的发生主要与经血逆流有关。正常情况下，子宫内膜在子宫腔内生长，每个月随着月经周期的变化而脱落并排出体外。如果子宫内膜组织通过输卵管进入盆腔，在卵巢等部位生长，就会形成巧克力囊肿。这些异位的子宫内膜组织同样会受到卵巢激素的影响，出现周期性的出血和增生，导致囊肿的形成和增大。