肝癌的检查方法有多种，比如血清学检查，像甲胎蛋白（AFP）检测，在肝癌筛查中很常用，大约70%的肝癌患者AFP会升高。
血清学检查
甲胎蛋白（AFP）检测： 这是常用的血清学检查项目，约70%的肝癌患者AFP会升高，但也有部分肝癌患者AFP不升高，需要结合其他检查综合判断。异常凝血酶原（PIVKA - Ⅱ）检测： 也是辅助诊断肝癌的指标之一，在肝癌诊断中有一定价值，尤其对AFP阴性的肝癌有一定的辅助诊断意义。
影像学检查
超声检查： 是肝癌筛查的常用首选方法，价格相对低廉，可发现肝脏内直径1cm左右的占位性病变。它能观察肝脏的形态、结构，了解肿块的大小、位置、数目等情况。CT检查： 可以清楚地显示肝癌的大小、数目、形态、部位、边界、肿瘤血供丰富程度等，还能了解肝癌与肝内重要血管的关系以及肝门、腹腔有无淋巴结转移等，增强CT对肝癌的诊断价值更高，能更清晰地显示病灶。磁共振成像（MRI）： 对肝癌的诊断价值与CT相仿，对于检出小肝癌、诊断肝血管瘤等方面可能优于CT，在显示肿瘤与血管的关系、发现子病灶等方面有优势。
病理学检查
肝穿刺活检： 是确诊肝癌的重要方法，在超声或CT引导下进行肝穿刺活检，获取肝脏组织进行病理检查，能明确病变的性质。但该检查有一定的出血等风险，需要严格掌握适应证。腹腔镜检查： 对于临床和影像学难以确诊的肝癌，可考虑腹腔镜检查，同时可以在腹腔镜下取组织进行病理检查以明确诊断。