滴虫性龟头炎主要通过药物治疗，一般使用硝基咪唑类药物效果较好，通常规范治疗1-2周左右可取得一定疗效。
药物治疗首选
甲硝唑：是治疗滴虫性龟头炎的常用药物，它可以抑制滴虫的生长繁殖。一般采用口服给药的方式，能有效杀灭滴虫。替硝唑：也属于硝基咪唑类药物，对滴虫有良好的抑制作用，同样可以通过口服来治疗滴虫性龟头炎。
局部用药辅助
甲硝唑凝胶：局部涂抹甲硝唑凝胶也能起到一定的治疗作用，直接作用于龟头部位，帮助减轻炎症等症状。使用时要注意保持局部清洁，清洁后再涂抹药物。高锰酸钾溶液清洗：可以用1:5000的高锰酸钾溶液进行局部清洗，每天1-2次，能起到消毒、杀菌的作用，有助于改善龟头的炎症情况，但要注意浓度的调配，避免浓度过高损伤皮肤。
治疗中的注意事项
性伴侣同治：滴虫性龟头炎具有传染性，在治疗期间，性伴侣也需要同时进行检查和治疗，否则容易相互传染，导致病情反复。避免性生活：在治疗滴虫性龟头炎期间，要避免性生活，防止交叉感染，并且要注意个人卫生，保持龟头部位的清洁干燥，勤换内裤。按时用药复查：要严格按照医生规定的用药疗程按时用药，用药结束后要及时去医院复查，了解病情的恢复情况，以便医生根据恢复情况调整治疗方案。
特殊人群提醒
孕妇患者：孕妇患有滴虫性龟头炎时，用药需要特别谨慎，应在医生的指导下选择相对安全的药物进行治疗，因为一些药物可能会对胎儿产生影响。儿童患者：儿童出现滴虫性龟头炎较为少见，如果发生，也要在医生的专业指导下进行治疗，严格按照医生的建议使用合适的药物，不能自行随意用药。