吃母乳的宝宝拉屎巨臭可能是由消化不良、肠道菌群紊乱等因素导致，可通过服用药物来治疗。
一、消化不良：母亲如果食用了生冷刺激性或油腻的食物，乳汁中就会含有这些刺激性成分或油腻成分。宝宝进食这样的母乳后，因其肠胃消化功能尚未发育完善，就容易出现消化不良。当消化不良发生时，粪便会在肠道内长时间大量堆积，并且还会在肠道内发酵，从而导致宝宝拉屎巨臭。治疗消化不良，可在医生指导下服用健胃消食片等药物。
二、肠道菌群紊乱：肠道内存在大量有益菌群，这些有益菌群能增加肠道蠕动节律，有利于肠道内粪便排出。当肠道菌群紊乱时，有益菌群分布会失衡，容易引发便秘。便秘会使粪便在肠道内堆积而难以排出，在堆积过程中，粪便发酵会产生不良气味，进而使宝宝拉屎巨臭。治疗肠道菌群紊乱，可在医生指导下服用乳酸菌素片、双歧杆菌四联活菌片等药物。
总之，当吃母乳的宝宝拉屎巨臭时，要考虑到消化不良和肠道菌群紊乱这两种情况，可根据具体症状选择合适的药物进行治疗。