跑步两天后膝盖疼，是否还能继续跑步，取决于疼痛的程度和原因。一般来说，如果疼痛较轻，可以继续跑步，但需要注意以下几点：
1.降低跑步强度：减少跑步的速度、距离或时间，避免过度刺激膝盖。
2.加强热身和冷却：在跑步前后进行充分的热身和冷却活动，帮助预防膝盖受伤。
3.注意跑步姿势：保持正确的跑步姿势，避免过度内旋或外旋膝盖，减少膝盖的压力。
4.给膝盖休息时间：如果疼痛持续或加重，应暂停跑步，给膝盖足够的休息时间，让其恢复。
然而，如果膝盖疼痛严重，伴有肿胀、红肿、发热或其他异常症状，应立即停止跑步，并咨询医生的建议。医生可能会进行进一步的检查，如X光、磁共振成像（MRI）等，以确定膝盖的具体问题，并制定相应的治疗方案。
此外，以下几点也有助于预防跑步后膝盖疼痛：
1.逐渐增加跑步量：避免突然增加跑步的强度或距离，给膝盖足够的适应时间。
2.加强膝盖周围肌肉的力量：通过进行腿部肌肉的强化训练，如深蹲、靠墙静蹲等，增强膝盖的稳定性。
3.保持良好的身体状态：均衡饮食、充足睡眠、控制体重等，有助于提高身体的整体健康水平。
4.选择合适的跑鞋：穿着合适的跑鞋可以提供良好的支撑和缓冲，减少膝盖的压力。
总之，在跑步过程中，要密切关注身体的反应。如果出现膝盖疼痛，应根据具体情况采取适当的措施。如果疼痛持续或加重，务必咨询专业医生的意见，以确保膝盖的健康和安全。