小便时刺痛可能由多种原因引起。一般来说，泌尿系统感染是常见原因之一，比如膀胱炎，女性发病率相对较高，大约有30%的女性在一生中会至少患一次膀胱炎。
泌尿系统感染导致的小便刺痛
膀胱炎： 除了小便刺痛，还可能伴有尿频、尿急，严重时尿液可能混浊，甚至有血尿。女性由于尿道短而直，更容易被细菌侵袭引发膀胱炎。尿道炎： 分为淋菌性尿道炎和非淋菌性尿道炎。淋菌性尿道炎多由淋病奈瑟菌感染引起，主要通过性接触传播，发病较急，会出现尿道脓性分泌物、小便刺痛等症状；非淋菌性尿道炎常见病原体是支原体、衣原体，症状相对淋菌性尿道炎稍轻，也会有小便刺痛、尿道分泌物增多等表现。
泌尿系统结石引发的小便刺痛
肾结石： 较小的结石在泌尿系统移动时，可能损伤尿路黏膜，导致小便刺痛，还可能伴有腰痛，疼痛可向会阴部放射。如果结石堵塞尿路，还可能引起排尿困难。膀胱结石： 主要症状是排尿中断和小便刺痛，改变体位后可能恢复排尿。膀胱结石可能是肾脏结石掉入膀胱，或者在膀胱内形成。
其他原因导致的小便刺痛
化学物质刺激： 长期使用某些刺激性较强的清洁剂清洗会阴部，或者接触某些化学物质，可能刺激尿道黏膜，引起小便刺痛。比如使用劣质的女性卫生护理液，就可能导致这种情况。过敏反应： 对卫生巾、避孕套等过敏，也可能出现小便刺痛的症状，同时可能伴有会阴部瘙痒、皮疹等表现。