眼睛充血的治疗需依据发病原因选择相应药物，具体为：一、细菌：若是细菌引起的眼睛充血，患者需使用抗生素药物进行治疗，常见的有左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液、盐酸左氧氟沙星眼用凝胶、盐酸金霉素眼膏等。其中，左氧氟沙星滴眼液可有效抑制细菌的DNA旋转酶活性，从而阻碍细菌DNA的复制，起到抗菌作用；妥布霉素滴眼液对多数革兰阴性杆菌及阳性球菌等有良好的抗菌效果；盐酸左氧氟沙星眼用凝胶同样能抑制细菌的生长繁殖；盐酸金霉素眼膏对金黄色葡萄球菌等有较强的抑制作用。二、病毒：当眼睛充血是由病毒导致时，患者需采用抗病毒药物来医治，比如重组人干扰素α2b滴眼液、阿昔洛韦滴眼液、泛昔洛韦滴眼液、更昔洛韦眼用凝胶等。重组人干扰素α2b滴眼液具有广谱抗病毒、抑制细胞增殖以及调节免疫等作用；阿昔洛韦滴眼液对单纯疱疹病毒有较好的抑制效果；泛昔洛韦滴眼液能抑制病毒DNA的合成；更昔洛韦眼用凝胶可对抗多种病毒。三、真菌：对于真菌引发的眼睛充血，患者需要运用抗真菌药物治疗，例如氟康唑滴眼液、两性霉素B滴眼剂、那他霉素滴眼液等。氟康唑滴眼液对念珠菌等真菌有抗菌活性；两性霉素B滴眼剂可与真菌细胞膜上的固醇结合，破坏其通透性；那他霉素滴眼液主要用于治疗丝状真菌引起的眼部感染。四、免疫因素：针对免疫因素致使的眼睛充血，患者需要使用抗炎类的滴眼液进行处理，像妥布霉素地塞米松滴眼液、普拉洛芬滴眼液、氟米龙滴眼液等，但在使用激素的过程中要注意防范眼压升高。
总之，眼睛充血的治疗要根据具体病因选择合适的药物，同时要注意正确使用药物及可能出现的不良反应。