双肾结石的病因较为复杂，可能与多种因素相关。一般来说，尿液中某些成分浓度过高、泌尿系统结构异常等都可能引发双肾结石。
代谢异常导致
尿液成分改变：当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质含量过高时，就容易形成结石。比如尿钙排泄增加，正常情况下人体每天尿钙排泄量在一定范围内，如果超过这个范围，就可能促使肾结石形成。尿酸代谢紊乱：体内尿酸产生过多或者尿酸排泄减少，会使尿酸浓度升高，尿酸盐容易在肾脏沉积形成结石，有痛风病史的人就更容易出现这种情况。
泌尿系统结构异常因素
尿路梗阻：如果存在输尿管狭窄、前列腺增生等情况，会导致尿液排出受阻，尿液在肾脏内滞留，使得尿液中的晶体物质更容易沉积下来形成结石。例如，先天性输尿管狭窄的患者，从儿童时期就可能存在尿路梗阻风险，随着年龄增长，更易引发双肾结石。感染因素：泌尿系统感染时，细菌、脓块等会作为核心，促使晶体附着形成结石。像慢性肾盂肾炎患者，长期的炎症刺激会改变尿液的理化性质，为结石形成创造条件。
生活方式相关因素
饮水不足：每天饮水量少于1500毫升时，尿液会浓缩，尿液中晶体物质的浓度相对升高，容易析出形成结石。研究表明，每天饮水少于1000毫升的人群，双肾结石的发生率比每天饮水2000 - 3000毫升以上的人群要高很多。饮食不当：长期高钙、高草酸、高嘌呤饮食也会增加双肾结石的风险。高钙饮食如大量摄入牛奶等，可能会使尿钙排泄增加；高草酸饮食，像经常吃菠菜、巧克力等，会导致草酸摄入过多，进而影响草酸代谢；高嘌呤饮食，如过多食用动物内脏、海鲜等，会使尿酸生成增多。