肾结石的病因较为复杂，以下是一些可能导致肾结石的原因：
1.饮食因素：
草酸积存过多：体内草酸的大量积存，是导致肾尿结石的因素之一。如菠菜、豆类、葡萄、可可、茶叶、桔子、番茄、土豆、李子、竹笋等这些人们普遍爱吃的东西，正是含草酸较高的食物。医生通过研究发现：200克菠菜中，含草酸725.6毫克，如果一人一次将200克菠菜全部吃掉，食后8小时，检查尿中草酸排泄量为20-25毫克，相当于正常人24小时排出的草酸平均总量。
嘌呤代谢失常：动物内脏、海产食品、花生、豆角、菠菜等，均含有较多的嘌呤成分。嘌呤进入体内后，要进行新陈代谢，它代谢的最终产物是尿酸。尿酸可促使尿中草酸盐沉淀。如果，一次过多地食用了含嘌呤丰富的食物，嘌呤的代谢又失常，草酸盐便在尿中沉积而形成尿结石。
脂肪摄取太多：各种动物的肉类，尤其是肥猪肉，都是脂肪多的食品。多吃了体内脂肪必然增高，脂肪会减少肠道中可结合的钙，因而引起对草酸盐的吸收增多，如果一旦出现排泄功能故障，如出汗多、喝水少，尿量少，肾结石很可能就在这种情况下形成。
糖分增高：糖是人体的重要养分，要经常适量增补，但一下子增加太多，尤其是乳糖，也会使结石形成创造条件。专家们发现：不论正常人或结石病人，在食用100克蔗糖后，过2小时去检查他们的尿，发现尿中的钙和草酸浓度均上升，若是服用乳糖，它更能促进钙的吸收，更可能导致草酸钙在体内的积存而形成尿结石。
2.草酸积存过多：体内草酸的大量积存，是导致肾尿结石的因素之一。如菠菜、豆类、葡萄、可可、茶叶、桔子、番茄、土豆、李子、竹笋等这些人们普遍爱吃的东西，正是含草酸较高的食物。
3.嘌呤代谢失常：动物内脏、海产食品、花生、豆角、菠菜等，均含有较多的嘌呤成分。嘌呤进入体内后，要进行新陈代谢，它代谢的最终产物是尿酸。尿酸可促使尿中草酸盐沉淀。如果，一次过多地食用了含嘌呤丰富的食物，嘌呤的代谢又失常，草酸盐便在尿中沉积而形成尿结石。
4.蛋白质过量：如果经常过量食用高蛋白质的食物，便使肾脏和尿中的钙、草酸、尿酸的成分普遍增高。如果不能及时有效地通过肾脏功能把多余的钙、草酸、尿酸排出体外，这样，得肾脏结石、输尿管结石症的条件就形成了。当今世界经济发达国家肾结石发病率增高的主要原因就是如此。
5.糖分增高：糖是人体的重要养分，要经常适量增补，但一下子增加太多，尤其是乳糖，也会使结石形成创造条件。专家们发现：不论正常人或结石病人，在食用100克蔗糖后，过2小时去检查他们的尿，发现尿中的钙和草酸浓度均上升，若是服用乳糖，它更能促进钙的吸收，更可能导致草酸钙在体内的积存而形成尿结石。
6.外界因素：
天气炎热：如果天气炎热，人的尿量就会变少，再加之出汗多，那么，尿液的浓度就会变得更高，如此这般，就容易形成结石。
水质问题：有些地区的饮用水属于硬水，含晶体、钙比较高，使人的尿钙增高，容易形成结石。
7.疾病：
尿路感染：尿路感染是导致结石形成的主要原因之一，因为尿路感染会导致尿液中的细菌和炎症物质增加，从而刺激肾脏和尿路黏膜，促使结石的形成。
高尿酸血症：尿酸是嘌呤代谢的终产物，如果体内尿酸水平过高，会导致尿酸盐结晶在肾脏和尿路中沉积，从而形成结石。
高钙血症：高钙血症是指血钙水平高于正常范围，长期高钙血症会导致肾脏和尿路中的钙盐沉积，从而形成结石。
胱氨酸尿症：胱氨酸尿症是一种遗传性疾病，由于基因突变导致肾小管对胱氨酸的重吸收减少，从而使尿液中胱氨酸浓度升高，容易形成胱氨酸结石。
肾小管酸中毒：肾小管酸中毒是一种由于肾小管功能障碍导致的疾病，会导致尿液酸化功能障碍，从而使尿液中的草酸钙和尿酸盐结晶沉淀，形成结石。
其他疾病：甲状旁腺功能亢进、海绵肾、痛风等疾病也可能导致肾结石的形成。