尿痛通常由多种原因引起，比如泌尿系统感染，像大肠杆菌等细菌感染尿道、膀胱等部位时，约有50% - 70%的急性膀胱炎会出现尿痛症状，同时还可能伴有尿频、尿急等表现。
泌尿系统感染导致的尿痛
尿道炎引起： 非淋菌性尿道炎多由沙眼衣原体或支原体感染所致，患者除了尿痛，尿道还会有瘙痒感，尿道分泌物一般较少且为稀薄浆液性。淋菌性尿道炎则是由淋病奈瑟菌感染引起，会出现尿频、尿急、尿痛，尿道有脓性分泌物等症状，发病多与不洁性接触有关。膀胱炎引发： 急性膀胱炎常见于女性，主要表现为尿痛、尿频、尿急，严重时可能出现血尿，通常是因为细菌从尿道上行感染膀胱引起。
泌尿系统结石造成的尿痛
尿道结石导致： 尿道结石多来自肾和膀胱，患者会有排尿困难、点滴状排尿，并且伴有尿痛，疼痛可放射至阴茎头部。前尿道结石可通过触摸发现，后尿道结石需经直肠指诊触及。膀胱结石引起： 膀胱结石的典型症状是排尿突然中断，疼痛放射至远端尿道及阴茎头部，伴有排尿困难和尿痛，在儿童中较为常见，与营养不良和代谢紊乱等因素有关。
泌尿系统结核引发的尿痛
肾结核导致： 肾结核是由结核分枝杆菌感染肾脏引起，早期症状可能不明显，随着病情发展会出现尿频、尿急、尿痛，还可能伴有血尿，多有肺结核病史或接触史。膀胱结核引发： 膀胱结核继发于肾结核，除了有尿频、尿急、尿痛进行性加重的特点，还可能出现终末血尿，严重时膀胱挛缩，容量缩小。
其他原因造成的尿痛
化学物质刺激： 如使用刺激性较强的尿道器械检查，或者留置导尿管等，可能会损伤尿道黏膜，引起尿痛，一般在检查或留置导尿管后短时间内出现。过敏反应： 对某些物质过敏，如女性对卫生用品过敏，男性对避孕套过敏等，接触后可能出现尿道或会阴部瘙痒、尿痛等过敏表现。