龟头疱疹主要是由单纯疱疹病毒（HSV）感染引起的，其中约90%由HSV-2型引起，10%由HSV-1型引起。
病毒如何入侵
直接性接触传播： 这是最主要的传播途径。当与患有生殖器疱疹的患者发生性接触时，病毒可通过皮肤或黏膜的细微破损进入对方体内。比如，在无保护措施的性行为中，病毒就有很大机会传播。母婴传播： 患有生殖器疱疹的孕妇，在分娩过程中，胎儿经过产道时可能会感染病毒，从而导致新生儿患上先天性疱疹。
自身免疫力的影响
免疫力低下时易发病： 当人体的免疫力处于较低水平时，比如长期患有慢性病、过度劳累、熬夜等情况，身体对单纯疱疹病毒的抵御能力下降，就更容易受到病毒的侵袭而引发龟头疱疹。例如，长期熬夜的人，免疫系统功能会受到影响，相比作息规律的人，感染疱疹病毒的风险会增加。免疫系统缺陷者风险高： 像艾滋病患者等免疫系统存在严重缺陷的人群，由于自身几乎没有抵御病毒的能力，感染单纯疱疹病毒后，发生龟头疱疹的几率远远高于正常人，而且病情往往更难控制。
其他相关因素
局部卫生状况不佳： 如果不注意龟头部位的清洁卫生，局部容易滋生细菌等微生物，这会破坏局部的皮肤黏膜屏障，使得单纯疱疹病毒更容易侵入引发疱疹。比如，长时间不清洗生殖器，就可能增加感染风险。接触污染物品： 虽然通过接触污染物品感染龟头疱疹的情况相对较少，但也不能完全排除。比如接触了被单纯疱疹病毒污染的毛巾、浴盆等物品，在皮肤有细微破损时，也有可能感染病毒而发病。