紧急避孕药是无保护性生活后的补救措施，一般来说，偶尔吃一次紧急避孕药对身体的危害相对有限，但频繁使用危害会增大。例如，一年内服用紧急避孕药最好不超过3次。
对月经周期的影响
月经紊乱： 紧急避孕药含有较高剂量的孕激素，服用后可能会影响女性的内分泌系统，导致月经周期紊乱。一般在服药后的1-2个月内，月经可能会出现提前、推迟或经量改变的情况。比如，原本月经周期规律的女性，服药后可能出现月经推迟7天以上的情况。经期变化： 部分女性服用紧急避孕药后，会出现突破性出血，即服药后阴道有少量出血，类似月经的少量流血情况。
对肠胃的刺激
恶心呕吐： 紧急避孕药可能会引起肠胃不适，常见的症状是恶心，甚至有的女性会出现呕吐反应。一般在服药后的几小时内比较明显，尤其是空腹服用紧急避孕药时，恶心呕吐的发生率相对较高。例如，有研究显示，约有10% - 20%的女性在服用紧急避孕药后会出现恶心呕吐症状。肠胃不适： 除了恶心呕吐，还可能出现腹痛、腹胀等肠胃不适症状，不过相对恶心呕吐来说，发生率稍低一些，但也有部分女性会受到影响。
对身体其他方面的潜在影响
头晕乏力： 服用紧急避孕药后，少数女性会出现头晕、乏力的症状，这可能是药物的副作用导致的。一般这种症状会在服药后的1 - 2天内逐渐缓解，但也有个别女性会持续较长时间。影响激素水平： 紧急避孕药会干扰正常的激素平衡，虽然短期内可能不会有太明显的严重后果，但长期频繁使用，可能会对身体的激素调节系统产生持续的不良影响，不过这种影响相对比较隐匿，需要长期观察才能发现。