紧急避孕药是无防护性生活后的补救措施，不能作为常规避孕方法，一般来说，偶尔使用一次紧急避孕药对人体的危害相对有限，但频繁使用危害会增大。例如，一年内使用不要超过3次。
对月经周期的影响
月经紊乱： 紧急避孕药可能会干扰体内的激素水平，导致月经周期改变。有的女性用药后会出现月经提前，有的则会推迟，一般这种月经紊乱情况会在1 - 2个月经周期后逐渐恢复，但如果长期紊乱则需就医检查。经期延长或缩短： 部分女性服用紧急避孕药后，经期时长可能会发生变化，有的经期会延长，有的则会缩短，这也是激素波动带来的影响表现。
对肠胃的刺激
恶心呕吐： 约有10% - 20%的人服用紧急避孕药后会出现恶心症状，少数人还会伴随呕吐，一般在服药后的几小时内出现，症状较轻的可自行缓解，严重的可能需要就医处理。肠胃不适： 除了恶心呕吐，还可能有腹痛、腹泻等肠胃不适情况，这是因为药物成分对胃肠道产生了刺激，尤其是空腹服药时，这种刺激相对更明显。
对身体其他方面的影响
头晕乏力： 服用紧急避孕药后，少数人会有头晕、乏力的感觉，一般持续时间较短，多在1 - 2天内缓解，在此期间应多休息，避免进行需要高度集中注意力的活动，如开车等。乳房胀痛： 有的女性服药后会出现乳房胀痛的情况，这是由于药物影响了体内激素水平，导致乳房出现暂时性的反应，一般不需要特殊处理，但如果胀痛持续不缓解或加重，应及时就医。